定向改良与转基因转育
利用分子标记辅助选择回交和转基因后代，快速纯化遗传背景。
定向改良
传统回交育种需要8 代以上才能高度回复轮回亲本 的遗传背景，回交定向改良，可以在确保目标基因导入的前提下，在每一代的回交群体中选择遗传背景与轮回亲本最相似的个体进行下一代回交，显著加速遗传背景纯化。与传统回交育种比较，定向改良品种平均提前2 年进入市场。
转基因转育
对于需要通过转基因技术定向改良的品种，可以通过基因检测鉴定目的基因的转入，也可鉴定转化后的个体中遗传背景纯度，选择其中最稳定、导入片段最小的个体投入下一步的选育工作。在加速育成品种稳定和背景纯化的同时，减少导入的无用片段，为进一步精准育 种和更多优良基因的聚合做准备。
技术路线
案例分析
国家杂交水稻工程技术研究中心利用全基因组选择 对某群体进行回交改良，在确保前景标记的前提下，在BC3F1 代将99.6% 的遗传背景回复到与轮回亲本一致。 某种业公司利用该技术体系，将玉米抗虫转基因表达盒的快速导入，实现非转基因玉米株系快速转育为抗虫转基因 玉米。